Técnica de hibridación: Microarrays

 Detección del grupo de genes de cepas ΔIon y ΔIon rpoB12 de Escherichia coli mediante Microarrays

La mutación rpoB12 se aisló espontáneamente en fondo de la cepa ΔIon. Las cepas de E. coli se cultivaron en un medio LB a 30 °C durante la noche por duplicado. Luego se aisló el ARN total de cada muestra y se estudiaron y compararon los perfiles de transcriptomas basados en microarrays.

Pasos a realizar para la técnica:

1. Etiquetado y preparación: Se transcribieron inversamente 500 ng de cada ARN a 40 °C usando cebadores de haxámero y cebador oligo-dT, se usó las moléculas de ADNc de doble cadena sintetizadas como molde para generación de ARNc.

2. Hibridación: Con la utilización del kit de hibridación in situ basado en sondas de expresión génica, se fragmentaron 1000ng de muestra de ARNc marcada a 60°C y se hibridaron con una E. coli _8x15K de diseño genotípico a 65 °C durante 16 h.

3. Escaneo: Lavado de portaobjetos hibridados con tampones de lavado Agilent y fueron escaneados con el escáner de microarrays Agilent.

Interpretación de resultados

Únicamente resultado cualitativo: Se identificaron genes significativos asociados con la mutación rpoB12 (His526Tyr) regulados hacia arriba y hacia abajo en las muestras de prueba con respecto a la muestra de control.

Fuente del video

Bibliografía

1.

Shanmugaraja Meenakshi & M. Hussain Munavar. Datos de perfil de transcriptoma basados en microarrays de cepas ΔIon y ΔIon rpoB12 de Escherichia coli. Biblioteca Nacional de Medicina de EE.UU. PubMed [Internet].; 2018 [citado el 9 de Enero de 2022. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6202797/